地球联邦军机动战士试验运用小队（地球联邦军第11独立机械化混合部队，俗称土拨鼠小队）队长加岛勇少尉，在一次支持进攻吉恩基地人物中遇到了一架前所未有的蓝色涂装吉姆，经过一番苦战，加岛勇的小队成功击退了蓝色吉姆。原来该机是连邦军的最新型MS蓝色命运1号机，头部装有EXAM系统，令普通的陆战吉姆也能发挥非比寻常的能力。但因该系统还未而善，所以导致机体暴走，引发了这次事件。土拨鼠小队与蓝色MS的因缘由此展开。
技术士官阿尔夫·卡姆拉为土拨鼠小队配备了新型的MS，原来就是之前遭遇的蓝色吉姆——蓝色命运1号机。伴随着对EXAM系统的不安与疑惑，加岛勇成为了蓝色命运一号机的机师。一次任务中，勇遇到了拥有“吉恩骑士”之称的宿敌尼姆巴斯·修塔森，在战斗中蓝色命运1号机的EXAM系统竟然发生共呜，原来对手的MS——伊夫里特改同样拥有EXAM系统，勇占不到一点甜头。经过一番苦战，总算击破了伊夫里特改，但蓝色命运的头部也被打爆。尼姆巴斯喊着“不要忘了，是你机体的性能打败了我”逃走了。
因为头部是放置EXAM系统的地方，被打爆头部的蓝色命运1号机等于报废了。土拨鼠小队只有去EXAM研究所领取新型的2号机。然而尼姆巴斯也来到了研究所，不仅夺走了2号机，还杀死了EXAM系统的发明者克尔斯特·莫赛斯，而勇唯有用1号机和2号机的备用零件来改造的蓝色命运3号机来追击尼姆巴斯。根据情报，尼姆巴斯逃了上宇宙，藏在EXAM的出生地——SIDE5的可能性最大。勇在攻入殖民卫星后发现了“EXAM的真相”。原来在研发EXAM时，克尔斯特博士是由NT女孩——玛莉安协助的。在一次实验意外中 ，玛莉安的战斗数据被“封印”在了EXAM之中，同时她也进入昏迷状态，勇在发动EXAM时听到的女子声音就是玛莉安的。知道真相后的勇在殖民卫星外与尼姆巴斯进行了决战.
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