《潘多拉之心》的故事起始，其实要追溯到画面时间的一百年前，那个惨绝人寰的沙布里耶的灭城之夜（沙布里耶悲剧），所有的因果，全部的恩怨，都是由因一夜而起。不过这个故事的叙述时间，则是由昔日曾共同对抗巴斯卡比尔子民，并取得了最终胜利的四大公爵家中，处于领袖地位的贝萨流士家下一任家主奥兹·贝萨流士的成人仪式开始。
四大公爵家贝萨流士家的下一任当家奥兹·贝萨流士，在15岁的成人仪式中被阿嵬茨的使者流放至阿嵬茨这个黑暗监狱中，而罪名是“他的存在之本身”。之后，奥兹在阿嵬茨中与被称作“染血黑兔”的锁链 “艾莉丝”相遇，并与她订下契约逃脱阿嵬茨。逃出后，奥兹开始追寻自己被使者判罪的理由，并帮助艾莉丝追寻她丧失的记忆。
为了寻找艾莉丝的记忆，奥兹．贝萨流士来到禁忌之地，然而在他眼前的，却是一片腥红而阴暗的世界。诅咒的利牙，将可怜的羔羊化作一片血海，如同踏入以希望为名的虚幻之中…
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