故事发生在二十一世纪末的日本。魔法已经不是一个传说，而是现代科学的一项技术，它被应用至今已经过了一个世纪。曾经被称为“超能力”的先天具有的能力被以“魔法”这两个字为体系的名字取代，高超的魔法师被认为是国家的实力。
西历2095年的春天，新生入学的季节。国立魔法大学附属第一高中——通称“魔法科高中”，是由成绩优秀的“一科生”和作为“一科生”替补的“二科生”所构成，他们也各自被冠
上了“花冠（bloom）”和“杂草（weed）”之名。就在这样的魔法科高中里，一对兄妹入学了。兄长是，有着缺陷的劣等生。妹妹是，完美无缺的优等生。同时也是无论什么事都抱着达观态度的劣等生兄长，和对他抱着血亲以上感情的优等生妹妹。随着这两人进入这间精英学校的大门，这平稳的学院，也开始了骚乱的日常…
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